2018年6月1日起，海关总署全面取消通关单。与关检融合前的通关流程相比，取消通关单可简化企业申报、减少通关环节、加速货物放行，为守法企业提供通关便利、降低通关成本，切切实实提升企业获得感。预计将有超过10%的进出口货物报关单从中获益。

 《入/出境货物通关单》（以下简称“通关单”）是原出入境检验检疫机构对法定检验检疫商品签发的已办理报验手续证明文书。通关单本质上是原出入境检验检疫机构用于与海关工作联系的业务单证，主要目的用于防范和打击逃漏检行为，是出入境检验检疫和海关业务分属两个不同部门的标志性事物。在出入境检验检疫职责划入海关前，对于法定检验检验检疫进出口商品，进出口企业需先向原出入境检验检疫机构报检，随后申领通关单，再向海关报关，海关凭原出入境检验检验机构签发的货物通关单办理海关通关手续。

    原出入境检验检疫部门划入海关后，不再需要跨部门提供凭证，通关流程的简化成为改革方向，海关内部即可完成对法检商品的检验与确认；《中华人民共和国进出口商品检验法》作出修改，删除“海关凭商检机构签发的货物通关证明验放”，为通关单的取消确立了法律依据；为促进贸易便利化，简化通关手续，缩短整体通关时间，海关总署决定全面取消通关单。

    对于涉及法定检验检疫要求的进口商品，企业可通过“单一窗口”报关报检合一界面向海关一次申报；如需使用“单一窗口”单独报关、报检界面或报关报检企业客户端申报的，企业应当在报关单随附单证栏中填写报检电子回执上的检验检疫编号，并填写代码“A”。

    涉及法定检验检疫要求的出口商品，企业应当填写报检电子回执上的企业报检电子底账数据号，并填写代码“B”。

    对入境动植物及其产品，在运输途中需提供运递证明的，出具纸质《入境货物调离通知单》；对出口集中申报等特殊货物，或者因计算机、系统等故障问题，根据需要出具纸质《出境货物检验检疫工作联系单》。